次氯酸鈉做為消毒劑在污水處理方面有著十分廣泛的用途，生活中常見的污水包括醫療污水和生活污水，不管是醫用污水還是生活污水的出水須經過消毒，這是由于城市生活污水中含有大量的微生物，其中包含對人類有害的細菌，原生動物的卵囊蟲及胞囊，蠕蟲，病毒等。眾多的有害微生物的檢驗工作量非常巨大，為了更快速的檢測污水中的有害微生物數量，把糞大腸菌群數作為污水的生物學危害的指標，污水在排出廠之前，要進行相應的流程，來把糞大腸菌群數降低到一定的指標范圍內，使污水中的有害微生物降低環境可接納，這就是污水的處理消毒。要注意污水廠的消毒不是滅菌，消毒是達到一定數量就可以了，滅菌是全部滅殺。
　　次氯酸鈉在污水處理中的作用主要體現在以下幾個方面：
　　氧化消毒：次氯酸鈉可以提供次氯酸（HClO）作為一種氧化劑和消毒劑。在污水處理中，它可以有效殺滅細菌、病毒和其他微生物，從而實現消毒和滅活的作用。次氯酸可以破壞細菌的細胞壁和核酸結構，從而達到殺菌的效果。
　　去除臭味：污水中常常伴隨著難聞的臭味，這是由于微生物代謝產物、有機物分解和污染物引起的。次氯酸鈉可以通過氧化作用去除污水中的有機臭味物質，從而改善氣味問題。
　　氧化還原作用：次氯酸鈉可以與一些有機物發生氧化反應，將其轉化為較低毒性或易于處理的形式。這有助于降解有機物的濃度，減少對環境的潛在危害。
　　去除色度：污水中的某些污染物可能導致色度的增加，使水體顯得渾濁或有色。次氯酸鈉可以對某些有機色素進行氧化，從而降低水體的色度。
　　防止管道堵塞：在污水處理系統中，管道和設備的堵塞是常見的問題。次氯酸鈉可以通過氧化有機物和微生物來減少管道和設備的污垢和生物堆積，從而降低堵塞的風險

　　次氯酸鈉主要用于漂白、工業廢水處理、造紙、紡織、制藥、精細化工、衛生消毒等眾多領域。